محمدرضا خلعتبری فوتبال خود را از تیم جوانان شموشک نوشهر شروع کرد، سپس در سال ۱۳۸۲ به تیم بزرگسالان شموشک نوشهر پیوست و در لیگ برتر حضور یافت. وی برای انجام خدمت سربازی در سال ۱۳۸۳ راهی تیم فوتبال ابومسلم خراسان شد. وی دو فصل برای ابومسلم توپ زد و بعد از آن در سال ۱۳۸۵ راهی تیم فوتبال ذوب آهن اصفهان شد و ۵ فصل در این تیم بازی کرد. پس از آن او در خرداد ۱۳۹۰ به تیم الغرافه قطر پیوست. و مدتی نیز عضو این باشگاه بود تا اینکه در دی ۱۳۹۰ به باشگاه الوصل امارات پیوست و شاگردی دیگو مارادونا را تجربه کرد.او پس از الوصل مجدداً در سال ۱۳۹۱ به اصفهان بازگشت، اما این بار به تیم سپاهان اصفهان پیوست. و یک فصل در این تیم حضور داشت تا بازی در هر دو تیم مطرح اصفهانی را نیز تجربه کند. وی در خرداد ۱۳۹۲ ابتدا قراردادی با تیم عجمان امارات منعقد کرد. اما به دلیل استفاده لیگ امارات از نام جعلی خلیج عربی، قراردادش را فسخ و به ایران بازگشت. او در شهریور ۱۳۹۲ به پرسپولیس تهران پیوست.وی در تیر ماه ۱۳۹۳ از این تیم جدا شد و با قراردادی ۲ ساله بار دیگر به تیم سپاهان اصفهان پیوست.